Гидронефроз часто является причиной инфицирования мочевыделительной системы. Симптомами инфекции мочевых путей являются жжение при мочеиспускании, частое мочеиспускание, лихорадка, озноб, боль в поясничной области  или боковых поверхностях живота. Если вовремя не был диагностирован гидронефроз, и не было начато своевременное лечение гидронефроза, может произойти тяжелое повреждение почки и в последующем снижение ее функционального состояния, вплоть до полной утраты функции.  Если происходит функциональная утрата одной почки, и при этом сохранено функциональное состояние второй почки, выполняется нефрэктомия (удаление) пораженной почки.

Еще одним немаловажным осложнением гидронефроза является развитие постобструктивной полиурии. Постобструктивная полиурия возникает после устранения препятствия в мочевых путях. Наиболее вероятно можно ожидать постобструктивную полиурию у пациентов с наличием хронической обструкцией мочевыделительной системы, отеками, застойной (хронической) сердечной недостаточностью, гипертонической болезнью, излишним весом, и нарушением азотовыделительной функции почек. Клинически значимая полиурия после восстановления проходимости мочевых путей отмечается только при предшествующей полной двусторонней обструкции мочевых путей или при односторонней обструкции единственной функционирующей почки.