Выше в разделе классификация гидронефроза перечислены все возможные причины развития гидронефроза, и большинство из них являются следствием следующих процессов:

• Обструкция или препятствие в любом сегменте мочевыделительной системы (является наиболее частой причиной гидронефроза)
• Обратный ток мочи к почкам из мочевого пузыря вследствие нарушения функционального состояния клапанов в мочевом пузыре

Причины гидронефроза очень вариабельны, и при этом причины одностороннего или двустороннего гидронефроза различаются. При одностороннем гидронефрозе происходит расширение чашечно-лоханочной системы одной почки, при двустороннем гидронефрозе – поражаются обе почки.

Односторонний гидронефроз

Односторонний гидронефроз обычно является результатом обструкции мочеточника или лоханочно-мочеточникового сегмента с одной стороны.

Обструкция мочеточника

Обструкция мочеточника может быть  в результате:

• миграции камня почки в мочеточник
• опухолевого процесса в просвете мочеточника или экстрауретерального роста опухоли
• стриктуры уретры (мочеиспускательного канала), возникшей впоследствии травмы, инфекции, оперативного вмешательства или врожденного дефекта
• нарушения нейромышечной регуляции мочеточника

Обструкция лоханочно-мочеточникового сегмента (промежуток мочевых путей, где лоханка почки переходит в мочеточник)

Обструкция лоханочно-мочеточникового сегмента является результатом следующих:

• врожденная аномалия, при которой развитие мочевых путей формируется так, что переход лоханки в мочеточник находится выше, чем обычно. Данная аномалия называется высокое отхождение мочеточника.
• перегиб мочеточника в месте выхода из лоханки почки
• камень почки
• наличие добавочного сосуда – артерии или вены, который пересекает лоханочно-мочеточниковый сегмент и сдавливает его
• опухоль почки

Двусторонний гидронефроз

Вовлечение обеих почек при гидронефрозе происходит при наличии препятствия в полости мочевого пузыря или вне его (в окружающих тканях и органах мочевого пузыря).

Обструкция (препятствие) в мочевом пузыре может являться результатом:

• камня мочевого пузыря
• кровяного сгустка
• опухоли в полости мочевого  пузыря
• выраженного воспаления мочевого пузыря
• нарушения антирефлюксного механизма (наличие клапанов в мочевом пузыре, предотвращающие обратный ток мочи из мочевого пузыря в почку)
• давления на мочевой пузырь, в результате, например, увеличения предстательной железы, или рака предстательной железы.

В некоторых случаях, врач может нащупать припухлость в месте локализации нижнего конца мочеточника, где мочеточник впадает в мочевой пузырь. Эта опухоль или припухлость называется уретероцеле, которое также может являться причиной обструкции, и в последующем гидронефроза. Также описываются случаи аномального развития мочеточника, когда из одной почки выходят два мочеточника.

Гидронефроз обеих почек может произойти во время беременности, при которой увеличенная матка сдавливает мочеточники. Гормональные изменения во время беременности может усугубить проблемы, приводя к снижению частоты мышечных сокращений, которые обычно способствуют продвижению мочи по мочеточникам в мочевой пузырь. Данное состояние обычно называют гидронефрозом беременных и, как правило, наступает выздоровление, когда беременность заканчивается, хотя почечные лоханки и мочеточники могут оставаться несколько расширенными еще на некоторое время.